本中心成立宗旨為有鑑於國內污染底泥處置日益受重視，結合以「海洋環境工程系所」為主體之海洋化學、水資源、環境工程等領域研究群，執行全國水域底泥監測，現地整治評估，底泥環境管理，離地處理技術開發等永續工作，並提供產業有關底泥衍生議題之專業服務。