本中心主要任務如下：

(一) 發展有關水域底泥整治技術與創新技術之開發。
(二) 建立與開發水域底泥物化性質分析技術。
(三) 提升水域底泥相關技術之教育訓練與人才培訓。
(四) 促進本校與國內外各底泥相關研究單位之合作。
(五) 接受政府及相關機構之委託，從事水域底泥相關之調查與研究。
(六) 其他與水域底泥相關之研究。